Primeiro de tudo, note que você não precisa de antivírus para o Linux. Verifique a resposta para esta pergunta Linux Anti-Virus
Para o clamav, ele vem com noGUI, mas para fazer isso na linha de comando:
Para instalar o Clamav
sudo apt-get install clamav
Para atualizar arquivos padrão
sudo freshclam
Para verificar todo o seu sistema de arquivos e remover arquivos infectados
sudo clamscan --infected --remove --recursive /
Para baixar o vírus de teste
wget http://www.eicar.org/download/eicar.com
Para desinstalar
sudo apt-get remove clamav
Mas você pode usar uma GUI frontend que funcione com o calmav chamado Antivirus Scanner (avscan). você pode fazer o download em aqui .
Além disso, existem muitos frontends GUI para calmav. você pode verificar este menu aqui e escolher um deles, mas eu avisá-lo pelo acima (avscan)
Se você quiser usar outra GUI eu aconselho usar comodo . O Comodo tem um programa anti-vírus gratuito, moderno e fácil de usar para várias distribuições GNU / Linux, incluindo o Ubuntu 12.04.xy 32 e o LTS de 64 bits. A interface gráfica do usuário é fácil de aprender como usar.