Você está correto. Os scripts mantenedores não devem fazer nenhuma alteração nos estados do apt ou dpkg, além das mudanças que serão feitas ao instalar o pacote de qualquer maneira.
Instalar um arquivo em /etc/apt/sources.list.d , no entanto, está bem. A maioria dos pacotes que preenchem uma função como "instalar este pacote para adicionar o repositório X do APT ao seu sistema" simplesmente faz isso (ao contrário de chamar add-apt-repository ). Também é comum descartar a chave pública de GPG usada para assinar o repo em /etc/apt/trusted.gpg.d .
Se você quiser simplificar para o usuário executar as etapas de instalação adicionais para o seu software, talvez seja necessário enviar um script que execute a tarefa e instruir o usuário a executar o script manualmente.
Mas se você realmente quiser realmente chamar apt-get update ou apt-get install , etc automaticamente, e você não se importa que seu pacote seja totalmente inaceitável no Debian ou no Ubuntu, e seus usuários estão ok com o pacote agindo assim, então você poderia colocar algo em /etc/cron.d que verifica os bloqueios existentes do apt ou do dpkg e, se nenhum for mantido, executa as etapas adicionais de instalação e faz com que essas etapas não sejam executadas novamente. Eu não recomendo essa abordagem.