Se você instalou o 64-bit e ele funciona, então não há problema.
Todos os programas de 32 bits funcionarão em 64 bits, por isso não se preocupe. Se você pudesse instalar o Ubuntu de 64 bits, então você tem uma CPU de 64 bits e tudo vai funcionar, então relaxe.
Quais problemas você tem? Você precisa ser muito específico se formos capazes de ajudá-lo.
O 64-bit é apenas uma arquitetura de CPU e não tem nada a ver com o Ubuntu, mas apenas com o Kernel e com o tamanho das instruções que o processador pode suportar.