Você não está executando o arquivo .jar sozinho. Em vez disso, você executa java e passa o nome do arquivo jar como um parâmetro. Se você passar apenas o nome do arquivo, mas não o caminho completo, o sistema assumirá que o arquivo está no diretório atual e, se não estiver, você receberá o erro mencionado. Você deve passar o caminho completo após o sinalizador -jar e, em seguida, executar seu alias a partir de qualquer diretório.