Você deve tentar instalar o pavucontrol.
sudo apt-get install pavucontrol
Faça o seguinte:
- Lançamento do pavucontrol
- A janela de controle de volume será aberta
- Iniciar o Skype
- Ligue para alguém ou ligue para o eco
- Volte para a janela de controle de volume e clique na guia Gravação
- Escolha seu microfone
pavucontrol