Use o ccsm (Gerenciador de configurações do CompizConfig), ative o plug-in "Regras da janela" (categoria Gerenciamento de janelas), defina janelas Não-fechadas; você pode precisar reiniciar o compiz. Não faz exatamente o que você quer - depois de definir isso, você não pode clicar no botão fechar, não existe tal botão. Eu acho que isso é ok também.