Provavelmente o seu iPod tem um sistema de arquivos HFS +. Para que isso funcione no Ubuntu, você deve:
- desabilitar o registro no diário
- faça com que seu gerenciador de músicas / iPod escreva no dispositivo
Você pode desabilitar o registro no diário do OSX com apenas alguns comandos, veja aqui , aparentemente é possível para fazer isso do próprio Ubuntu.
Agora você pode escrever no iPod apenas como root (ou como um usuário cujo UID é o mesmo do usuário que possui o iPod no Mac). Para executar um programa Gnome do seu launcher como root, por exemplo, veja aqui (no Xubuntu você pode simplesmente usar o editor de menu ).