Dado que você diz que somente 3.2.6 está disponível, isso significa que você está no Ubuntu 10.04, que para a versão desktop, será End of Life em aproximadamente um mês.
O Ekiga é distribuído nos arquivos do Ubuntu, e existem versões mais recentes disponíveis nas versões mais recentes do Ubuntu. Você deve atualizar para uma versão mais recente do Ubuntu para obtê-los. A versão 3.3.7 está disponível no Ubuntu 12.04, por exemplo.
Você pode ver qual versão do Ekiga está em qual versão do Ubuntu, aqui .