Além do arquivo /etc/apt/apt.conf , há um diretório /etc/apt/apt.conf.d/ . Todos os arquivos podem conter configurações para apt . Eles são nomeados com um número de 2 dígitos e, em seguida, sua finalidade (como 00trustcdrom ou 99proxy ). Os números estão lá para garantir a ordem pretendida.
(Não consegui determinar se, no caso de declarações conflitantes, as posteriores ou anteriores estão em vigor - o meu palpite é: declarações posteriores substituem as anteriores).
Então, se as configurações em /etc/apt/apt.conf não funcionarem, dê uma olhada nos arquivos em /etc/apt/apt.conf.d/ .