Gostaria de verificar se o arquivo realmente é reproduzido em vlc, smplayer, banshee ou o que você usa. Com smplayer seria ...
smplayer desktop-login.ogg
Um mp3 de 3.9 Mb convertido para o ogg deve ser um pouco menor que o mp3 se ele tiver a mesma taxa de bits, então pode não ser um arquivo de som.
E eu também esperaria ver o bitrate no comando. Exemplo:
ffmpeg -i desktop-login.mp3 -ab 6400 desktop-login.ogg
Mas o problema principal provavelmente será o tamanho: o tamanho de arquivo original é de 100 kB. Eu esperaria que o seu tamanho do arquivo tivesse que ser em torno desse tamanho. Você pode usar a audácia para cortar rapidamente um pedaço menor e tentar isso!
Verifique também se o proprietário é root que as permissões precisam ser 644 ( sudo chmod 644 /usr/share/sounds/ubuntu/stereo/*
)