Por favor, leia esta seção no wiki do Ubuntu. Você precisará configurar o seu apache2.conf para fazer o phpMyAdmin funcionar.
gksu gedit /etc/apache2/apache2.conf
Em seguida, adicione a seguinte linha ao final do arquivo.
Include /etc/phpmyadmin/apache.conf
Em seguida, reinicie o apache
/etc/init.d/apache2 restart