Para ser sincero, ainda estou tentando entender isso pessoalmente.
Eu tive o mesmo problema depois de fazer uma atualização e parece que a Ati ainda precisa adicionar suporte para o x-server mais recente.
Eu mesmo acabei fazendo uma instalação limpa e, embora agora tenha um desktop utilizável, ele não está aproveitando ao máximo os recursos do meu cartão. Eu não tentei instalar o fglrx como tenho a certeza que vai quebrar o meu sistema.
Há outros que fazem perguntas como esta e: g
Provavelmente existe uma maneira de desinstalar o fglrx corretamente para obter um sistema utilizável que alguém mais aprendeu do que eu posso explicar.