Esse pico de uso da CPU geralmente tende a vir de programas que precisam ser executados periodicamente (como gwibber-service) para atualizar algo em segundo plano. Você deve encontrar qualquer aplicativo que esteja fazendo isso (usando o system monitor / top é fácil pegar o culpado em ação).
BTW isso acontece comigo também, e eu fui capaz de determinar alguns culpados: docky, meu tocador de música (banshee e rhythmbox são muito mal comportados às vezes, mas provavelmente por causa de muitos plugins), gwibber, e apt (procurando por atualizações em segundo plano). Estes podem não ser a causa dos seus problemas, mas você pode tentar ver se algum deles é responsável.