Para mim, abrir uma janela de terminal e executar pkill nautilus corrige temporariamente.
(Mas eu não sei como evitar que o problema ocorra em primeiro lugar).
Eu tenho exatamente o seguinte problema com o Ubuntu 17.04 (shell do Gnome e desktop instalado)
Ao clicar na raiz do marcador ou em um dos marcadores abaixo o cursor do mouse fica preso no modo "arrastar e soltar", bloqueando todos entrada de teclado e também cliques do mouse para toda a GUI (em todo o sistema).
É uma questão muito antiga, mas sem solução concreta.
E não acontece apenas no nautilus, outros aplicativos como kid3 , KDE Connect , Kdenlive , Notes e outros são afetados. Em muitos lugares dessas aplicações um simples clique preso no modo "arrastar e soltar", é impossível trabalhar com esse problema, é muito chato.
Qualquer ideia ou solução é bem-vinda.
Para mim, abrir uma janela de terminal e executar pkill nautilus corrige temporariamente.
(Mas eu não sei como evitar que o problema ocorra em primeiro lugar).