Eu tive a mesma experiência que o OP com duas diferenças principais:
1) Computador desktop com dois HDDs físicos.
2) O Windows XP foi instalado no primeiro disco rígido.
Em vez de mexer com o gerenciador de inicialização, tudo o que eu tinha que fazer era alterar a ordem das unidades listadas no BIOS, de modo que o primeiro era o HDD com o Ubuntu instalado e o segundo, o WinXP.
Depois disso, fui presenteado com a versão linux do seletor de boot, e poderia escolher o Ubuntu ou o WinXP como eu havia desejado.
Não tenho certeza se isso se aplicará à pergunta original, mas pode ser útil para outras pessoas.