Eu reinstalaria o grub. Certamente parece que o grub está instalado no USB. Mas com as informações disponíveis, é difícil dizer
Supondo que você quer o bootloader para o MBR, inicie no seu Ubuntu. Remova o USB e abra um terminal.
Executar
sudo grub-install /dev/sda
para instalar o grub no mbr, atualize o grub
sudo update-grub
Reinicie sem o usb.