Primeiro, alguns detalhes -
Você está instalando a partir do Windows (usando o Wubi)? Se não, qual mídia de instalação você está usando (LiveCD, LiveUSB ou baseado em texto)? O Wubi não consegue instalar todo o disco rígido, mas não parece que é isso que você está usando.
Não deve haver uma opção "Instalar no Windows". Você pode fornecer uma imagem ou pelo menos o texto exato dessa opção?
As três opções que devem estar disponíveis para você são "Instalar o Ubuntu ao lado do Windows", "Apagar disco e instalar o Ubuntu" e "Outra coisa". Se você quiser reparticionar manualmente o disco rígido, a terceira opção é o seu caminho a percorrer. Caso contrário, a opção ao lado deve fazer tudo para você automaticamente.