O problema é: se você instalar a nova versão a partir da origem (em vez de um pacote), o sistema de empacotamento não estará envolvido. Isso não é problema se você instalá-lo em um local diferente (usando PREFIX=/usr/local neste caso com ./configure ). Você pode escolher se quiser usar as duas versões em paralelo.
Uma abordagem diferente seria substituir a versão instalada. Mas para isso você precisa de um pacote .deb. Novamente, não é grande coisa: há um pacote chamado checkinstall nos repositórios do Ubuntu. Em vez do tripleto ./configure && make && make install , você simplesmente usa ./configure && make && checkinstall . Em seguida, serão feitas algumas perguntas para o pacote (lembre-se de fornecer o mesmo nome do pacote instalado - no seu caso, nmap , e especifique as informações corretas da versão - tudo o mais é opcional). O checkinstall cria um .deb e o instala. Dessa forma, se houver uma nova versão disponível por meio dos repositórios, você poderá atualizá-la facilmente, pois o sistema de empacotamento foi mantido envolvido.
Você pode ler mais sobre o checkinstall em sua página inicial ou encontrar instruções mais detalhadas no Documentação do Ubuntu da comunidade .