Existem formatos de arquivo que, na verdade, são apenas arquivos XML arquivados ou algo semelhante.
Podemos ver aqui que este é exatamente o caso com o formato VYM.
Não estou usando a área de trabalho do GNOME, mas acho que você deve clicar com o botão direito do mouse no arquivo, encontrar um item " Abrir com " e apontá-lo para o aplicativo VYM. Não esqueça de salvar a associação de formato.