Eu me deparei com vários problemas com sistemas não totalmente "limpos", especialmente após as atualizações feitas nesta pergunta.
Espero que esta "limpeza mais completa" possa ajudar mais do que apenas eu.
No meu caso, eu tinha um servidor que começava em 12.04 e passava por vários ppa's e ups / downs e experimentos - depois de atualizar para o 14.04 consertei as coisas da maneira mais difícil - mas depois do upgrade para 16.04 esta semana muitas coisas funciona corretamente (como entrada no X11).
Para limpar e se livrar de muita coisa sem realmente reinstalar a máquina, fiz o seguinte:
Primeiro eu queria me livrar de antigos ppas, especialmente no caso de eles ainda sobrescreverem os pacotes mais novos
Além de apenas apt-add-repository -r, isso também tenta reverter para o original
Veja isto para mais: Diferença entre "ppa-purgar" e " add-apt-repository -r "?
$ ppa-purge "ppaname"
Em seguida, recebi uma lista de todos os pacotes instalados "manuais"
$ comm -23 <(apt-mark showmanual | sort -u) <(gzip -dc /var/log/installer/initial-status.gz | sed -n 's/^Package: //p' | sort -u) > manual.txt
Limpar este arquivo, remova todos os pacotes da lista que você gostaria de manter
$ vim manual.txt
Em seguida, defina todos esses pacotes de manual para instalado automaticamente
$ while read p; do sudo apt-mark auto ${p}; done <manual-to-remove.txt
Isso coloca muito no próximo autoremove, todos os desktops que eu já experimentei eu reconheci muitos dos experimentos que fiz nos últimos anos.
Mas, além de removê-las com firmeza, posso ter certeza de que tudo o que ainda é necessário para as dependências ainda será bom.
$ sudo apt-get autoremove
Se você estiver realmente disposto a limpar, adicione --purge ao autoremove - isso removerá todos os conffiles associados.
Tenha cuidado se não tiver certeza se quer manter algo.
E voila:
0 atualizado, 0 recém-instalado, 1359 para remover e 0 não atualizado.
Após essa operação, 3,810 MB de espaço em disco será liberado.
Isso foi um monte de porcaria: -)
Como hoje em dia tudo funciona (eu sabia de um teste com uma imagem ao vivo) agora eu podia instalar o kubuntu-desktop e estava feliz novamente - yay.