No campo Exec
do seu arquivo .desktop, você precisa colocar:
Exec=xdg-open "/home/Nirmik/VirtualBox VMs/Windows 7/Windows 7.vbox"
xdg-open
carregará o arquivo vbox com o programa padrão, o VirtualBox!
Edite o caminho acima para atender às suas necessidades, é claro.