'Place Windows' parece estar com muito bugs - quando eu o colocava, fazia com que as janelas saltassem para a borda da tela sempre que perdessem o foco (ou, com as janelas do terminal, às vezes, quando voltava ao linha de comando, o que parece completamente bizarro para mim).
Mas com o recurso "Colocar janelas" desativado, o problema de início a 0,0 fica pior quando você tem dois monitores, com o da esquerda abaixo do da direita; Nesse caso, o ponto 0,0 não está em nenhum monitor, então dependendo do tamanho da janela, ele pode não aparecer.
Se a janela estiver visível, você pode fazer um botão ALT-leftmouse na janela e arrastá-la para onde quiser. Se você tiver dois monitores, provavelmente desejará garantir que o esquerdo esteja posicionado pelo menos tão alto quanto o direito.
Essa foi a minha solução - desligue o 'Place Windows', redefina a posição do meu monitor esquerdo para a minha direita e apenas coloque manualmente todas as minhas janelas. Eu não preciso usar a coisa ALT-esquerda porque meus painéis estão no meu monitor direito, então eu apenas pego a barra de título.