man rsyslog.conf irá percorrer um longo caminho.
Mas para você começar:
*.=warn;mail.none;lpr.none /var/log/mywarnings
Isso basicamente diz que todas as mensagens iguais ao nível avisam ( *.warn seria um aviso ou superior), mas excluem e-mail e lpr pedindo .none , para /var/log/mywarnings .
Para excluir uma prioridade e superior, use ! . Para excluir apenas um, é != . Então:
mail.*;mail.!=err /var/log/mymail