Aqui está um script muito básico que eu juntei. Substitua a constante DIR pelo caminho para o diretório que contém os arquivos.
import os
DIR = "" # Change to the directory which contains the files
for srcfile in os.listdir(DIR):
original = os.path.join(DIR, srcfile)
temp = os.path.join(DIR, "%s_tmp" % srcfile)
with open(original) as infile:
with open(temp, 'w') as outfile:
outfile.write("\n")
for line in infile:
outfile.write("%s\n" % line.rstrip())
os.remove(original)
os.rename(temp, original)