Basicamente, você precisa dizer ao Apache para associar a extensão .cgi ao Perl. Além disso, index.cgi deve ser tratado como índice de diretório. Aqui está a documentação do Apache (não para pessoas de coração fraco)
Eu esperaria que o arquivo README que eu vejo na sua tela contenha dicas e sugestões valiosas - você leu?
ATUALIZAÇÃO: Você está fazendo tudo errado. :) Veja minha resposta aqui