Primeiro, escrevo isto para todos os outros que lerem isto: 12.04 está em teste beta e não está pronto para uso em produção! Ele deve ser instalado com o entendimento de que ele contém bugs e alguns deles podem causar problemas muito sérios, incluindo a perda de arquivos importantes, incluindo programas e dados. É um beta muito bom e os bugs estão sendo resolvidos rapidamente, mas eu recomendo que, se alguém quiser testá-lo, não atualize 11.10, mas coloque 12.04 em sua própria partição. Se o seu teste envolve a atualização de 11.10, você deve fazer um backup completo primeiro. (Para que não soe como eu represento ninguém, eu não trabalho para a Canonical nem estou envolvido de alguma forma com o desenvolvimento do Ubuntu; sou apenas outro beta tester.)
Em segundo lugar, no entanto, Yossile está certo: seus dados e as configurações de seus programas ainda devem estar lá, então quando você os reinstalar, eles devem funcionar como você está acostumado. Infelizmente, você levará algum tempo para reinstalá-los, espero que não seja muito longo. Espero que o processo não seja muito doloroso. Me desculpe, isso aconteceu.