Eu resolvi o problema desta maneira:
sudo apt-get --purge remove php-common
sudo apt-get install php-common php-mysql php-cli
Agora não há erro e php -m
mostra que tem tudo:
[PHP Modules]
calendar
Core
ctype
date
exif
fileinfo
filter
ftp
gettext
hash
iconv
json
libxml
mysqli
mysqlnd
openssl
pcntl
pcre
PDO
pdo_mysql
Phar
posix
readline
Reflection
session
shmop
sockets
sodium
SPL
standard
sysvmsg
sysvsem
sysvshm
tokenizer
Zend OPcache
zlib
[Zend Modules]
Zend OPcache
Ainda não sei o que causou o problema em primeiro lugar