Você pode fazer backup do painel copiando a pasta ~/.gconf/apps/panel
ou (de uma maneira melhor)
gconftool --dump /apps/panel > /backupfolder/panelbackup.xml
E para restaurar:
gconftool --load /backupfolder/panelbackup.xml
Os ícones estão em ~/Desktop/
. Você pode fazer backup assim:
cp ~/*.desktop /backupfolder/
Se você não quiser perder nenhuma configuração, poderá esvaziar a lixeira e o backup de toda a pasta inicial do usuário.