você tentou executar
metacity --replace &
novamente para ativar a execução
compiz --replace &
Como a pergunta diz: como posso ativar / desativar a composição (como clicar na opção apropriada em Sistema → Preferências → Aparência → Efeitos visuais) usando a linha de comando?
Eu rode o desktop Ubuntu 10.10, se isso ajuda.
você tentou executar
metacity --replace &
novamente para ativar a execução
compiz --replace &
Você pode tentar este comando a partir da linha de comando:
gconftool-2 -s '/apps/metacity/general/compositing_manager' --type bool false