Parece que você está com um bug válido . Esse comportamento não é facilmente explicável por qualquer coisa que você tenha feito, parece que é simplesmente um erro no 'gerenciador de atualização'.
Por favor, informe seu bug para update-manager no Ubuntu . Inclua todas as etapas para replicar o problema no seu sistema. O Ubuntu Wiki tem um muito bom guia sobre como reportar bugs .
Enquanto isso, parece que você precisa atualizar manualmente fazendo sudo apt-get upgrade
em um Terminal.