Porque cada um deles tem um propósito diferente. Como @aneeshep sugerido, você pode ver os nomes reais dos arquivos .desktop usando o Terminal. Ou vá em frente e abra esses arquivos no Gedit (arraste e solte na janela do Gedit).
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evolution-2.2.desktop
é para compatibilidade com versões anteriores, normalmente você não o vê no menu / travessão de aplicativos -
evolution.desktop
é o principal lançador com integração Unity -
evolution-mail.desktop
(Evolution Mail) é lançar explicitamente o componente mail do Evolution
Você pode removê-los, mas eles voltarão no mais tardar com a próxima atualização do Evolution, sem mencionar que o Evolution desaparecerá do menu de aplicativos e você quebrará a integração de email de desktop (como mailto: links de suporte etc .).