Para ser exato, o Microsoft Office está reivindicando algumas extensões de formato de arquivo do Office (como .doc, .docx, .pub, etc.).
Isso realmente não deve causar problemas, exceto a experiência do usuário na interface gráfica do usuário.
No meu conhecimento, o .pub é apenas um formato problemático. E essa extensão não é usada por nenhum software. Certificados são .csr, normalmente arquivos openssh não são tratados no Nautilus. Internamente, o OpenSSH não se preocupa com os tipos MIME ou associações de extensões de arquivos.