Tenho certeza de que tudo isso acabará sendo corrigido e corrigido. Eu corro uma configuração de monitor duplo e tenho notado e incomodado com as mesmas coisas. Apenas tenha em mente que esta é uma revisão MAJOR para um gerenciador de janelas antigo e levará algum tempo para resolver todos os problemas. Acho que a corrida para o mercado entre o Gnome 3 e o Unity pode ter levado os dois grupos de desenvolvimento a produzir um produto que talvez não estivesse 100% pronto. 11.10 deve abordar a maioria desses problemas, se não em um patch mais cedo.
Quanto ao lançador de unidade disfuncional, eu reverti para desabilitar o auto-hide neste momento, mas com 2 LCDs grandes eu tenho espaço de sobra.
Quanto à questão de foco, acho que tem algo a ver com o fato de que eles integram a barra de título no painel superior quando uma janela é maximizada. Seja paciente, meu amigo.
Desculpe por não ter uma solução melhor para você. Como último recurso, voltaria a usar o desktop clássico do gnome se você não puder lidar com os problemas acima mencionados até que eles sejam resolvidos.