Primeira sugestão.
Use numlockx: sudo apt-get install numlockx
Segunda sugestão (apenas para completar sua pergunta)
você pode criar a chave que você indicou usando o formato:
gconftool-2 --type bool --set /desktop/gnome/peripherals/keyboard/host-desktop1/0/numlock_on 1
Estou assumindo no exemplo que numlock_on
é um valor booleano
Se numlock_on for um string
ou int
, será necessário alterar o parâmetro type
de acordo.