O Banshee não deve danificar seus arquivos, pois deve ser apenas lê-los. A menos que haja algo (extremamente) errado em como os metadados estão sendo gravados de volta nos arquivos mp3.
Vá para Editar > > Preferências e veja se a caixa de metadados do registro para arquivos está marcada. Se estiver, tente desabilitá-lo. Se estiver desativado, é improvável que o Banshee esteja causando isso.
Você menciona que começou a usar o Ubuntu 11.04 - você fez uma instalação limpa ou uma atualização direta? Uma atualização pode representar um problema com os drivers de áudio. Estou perplexo porque você menciona tentar no Ubuntu, no Windows e no iPod.
Você fez algum tipo de reencenação / conversão dos arquivos?
O que você pode fazer para testar é primeiro testar um álbum no Windows e depois tentar no Ubuntu (e vice-versa).
Existem tantos fatores a serem questionados que, em última análise, acho melhor você preencher um relatório de bug sobre o launchpad Banshees. link