Eu acredito que isso pode ser este bug e a correção deve estar chegando em uma atualização.
No menu suspenso 'Locais' do applet indicador de appmenu, a lista de marcadores do nautilus parece estar duplicada, ele continua repetindo todos os marcadores, de modo que o menu de locais é muito grande. É apenas um aborrecimento menor, mas existe uma maneira de evitar isso?
Eu acredito que isso pode ser este bug e a correção deve estar chegando em uma atualização.
É algo que me incomoda também. Resolvi remover manualmente (ou seja, excluir) as duplicatas do nautilus.
Abra o Nautilus, selecione o local na barra lateral, pressione [Excluir]