Resolvido: Eu instalei o pavucontrol (como recomendado aqui ) e descobriu que o Skype estava conectado ao "Monitor de estéreo analógico de áudio interno", em vez do "próprio estéreo analógico de áudio interno".
A entrada foi facilmente comutada dentro dessa ferramenta e o Skype funciona mais uma vez. Agora só espero que a mudança seja permanente.