Quando desinstalar um programa do linux, remove removerá o programa principal, a remoção removerá o programa e os arquivos de dados e lixo que você não precisa mais se não for usá-lo, mas pode querer mantê-lo se estavam apenas instalando outra versão, e o autoremove irá limpar os arquivos que não são mais necessários após a remoção dos aplicativos.
Então, primeiro limpe o aplicativo
sudo apt-get purge <application>
depois, faça o autoremove de coisas que não são mais necessárias.
sudo apt-get autoremove