Quando você criou o LiveUSB, se não criou um arquivo de persistência para armazenar persistentemente as alterações, obtém esse estado aparentemente "protegido contra gravação" mencionado por você.
Se esta é a situação, toda vez que você reinicia você 'perde' suas configurações e tal, então não há como realmente 'atualizar' o LiveUSB, porque o que está faltando é o arquivo de persistência para manter as mudanças entre a base imagem do sistema e as alterações mais recentes. Você teria que recriar o stick USB com persistência. Para fazer isso, você precisaria usar uma ferramenta diferente para criar o pendrive, já que o Rufus não suporta persistência.
(Eu não sei atualmente sobre qualquer criador de ISO para USB baseado em Windows além do unetbootin que pode criar um arquivo de persistência adequadamente, infelizmente, e o unetbootin não é mais altamente recomendado para criar o Ubuntu LiveUSBs.)