Existem algumas configurações que você deve verificar no VLC:
1) Ferramentas - > Preferências - > Mostrar todos - > Vídeo - > Desativar o protetor de tela
2) Ferramentas - > Preferências - > Mostrar todos - > Avançado - > Iniba o daemon de gerenciamento de energia durante a reprodução
Se ambas as opções estiverem marcadas, você pode tentar um script wrapper simples que desabilita os modos de monitoração que desligarão, aguardarão ou anularão a tela antes de chamar o VLC:
#!/bin/bash
#Disable modes
/usr/bin/xset -dpms &
/usr/bin/xset s off &
#Open VLC
/usr/bin/vlc "$@"
#Re-enable modes
/usr/bin/xset dpms
/usr/bin/xset s on
exit