Em princípio, o evince pode ser controlado por meio de sua API dbus . Um exemplo de sua aplicação é o plug-in SyncTeX para o gedit, que facilita a edição e a navegação de arquivos de código-fonte do latex em combinação com o evince. Por outro lado, foi descoberto que o próprio dbus api muda sensivelmente do gnome 2 para 3 e é um tanto oculto, então você terá que cavar a fonte do evince para encontrar os métodos expostos.
Em relação às anotações: desde a versão 2.31, evince suporta a adição de anotações (mas não a exclusão). Este recurso está atualmente quebrado em evince 3.2 (a versão fornecida com o Ubuntu 12.04) devido a uma regressão, mas uma correção foi liberada no upstream.