A desfragmentação de discos não economiza espaço, apenas reorganiza os blocos de dados em seus arquivos para que eles possam ser lidos mais rapidamente. Foi / é um grande problema em sistemas de arquivos usados pelo Windows, mas é um problema muito menor em sistemas de arquivos que são (normalmente) usados nas instalações do Ubuntu. Eu corri sistemas de bases linux por 18 anos e nunca tive que fazer isso!
Sugiro que você use o aplicativo "Disk usage analyzer" para descobrir o que melhorou seu espaço. Além disso, se você tiver a máquina por um longo tempo, tente isso em um terminal:
$ sudo apt autoremove
Isso removerá pacotes que não precisam mais estar lá. O Ubuntu é terrível em não remover os kernels antigos que você não precisa mais e isso é conhecido por encher completamente os discos.
Você também pode tentar sudo apt clean , que removerá os pacotes .deb dos quais seus pacotes foram instalados.
E, claro, verifique sua lixeira!
Espero que isso ajude.