O Dukto não está nos repositórios regulares do Ubuntu.
Faça o download na página inicial no link
O download direto do Ubuntu está no link
Atualização # 1:
Você seguiu estas instruções?
sudo sh -c "echo 'deb http://download.opensuse.org/repositories/home:/colomboem/xUbuntu_16.04/ /' > /etc/apt/sources.list.d/dukto.list"
sudo apt-get update
sudo apt-get install dukto
Se isso não funcionou, faça isso ...
Baixe o arquivo aqui ...
E assumindo que o arquivo .deb foi para sua pasta Downloads, instale-o com ...
sudo dpkg -i ~/Downloads/dukto_6.0-1_amd64.deb