Para resolver esse problema, você precisa reverter as permissões para a pasta .atom
config:
sudo chown <user>:<user> /home/<user>/.atom -hR
Vendo sua imagem, presumo que seja
sudo chown k:k /home/k/.atom -hR
Se isso não resolver, sugiro que você reinstale o Atom usando o pacote deb baixado diretamente de Atom site (foi assim que instalei no meu computador):
sudo dpkg -i atom-amd64.deb
sudo apt-get -f install
A última linha é instalar dependências.