Tudo bem, acabei de descobrir que as duas linhas no yandex-browser.list devem ser uma linha: deb [arch=amd64] http://repo.yandex.ru/yandex-browser/deb beta main
. Isso é tudo.
(Eu tenho pouca experiência em editar essas coisas à mão, geralmente uso um PPA, então eu não sabia que era simples assim.)
Vou deixar esta questão, no entanto, no caso de alguns outros iniciantes estão confusos com as instruções dadas em esse site e encontre o mesmo erro.