Não importa qual sistema de arquivos você armazena a imagem. A imagem é um arquivo, contendo todas as informações do sistema de arquivos original. Isso pode ser movido para diferentes sistemas de arquivos, sem nenhum problema.
Na verdade, o FAT32 provavelmente seria uma má escolha para armazenar imagens, já que ele não suporta arquivos grandes (máximo de 4GiB) e possui um design bastante datado. Com o clonezilla, a limitação de tamanho não importará, já que o clonezilla, por padrão, divide a imagem em vários fragmentos menores.
Portanto, salve a imagem em qualquer sistema de arquivos desejado.