IDK se eu chegar mais tarde para apresentar uma solução, mas espero que alguém que esteja procurando uma solução para isso possa achar útil essa solução alternativa.
Eu tive o mesmo problema há alguns minutos e acredito que isso poderia ajudá-lo. Parece haver uma configuração padrão que torna o System Sounds silencioso no PulseAudio Volume Control. Vá para o Disparador de Aplicativos, digite PulseAudio Volume Control, abra-o. Em seguida, vá para a guia Reprodução, você verá a categoria Sons do sistema. Você verá isso silenciado. Clique no botão Mute e mova o controle deslizante de volume para o nível desejado. Você pode fazer um teste simples, fazendo VolumeUp / VolumeDown do seu teclado.