Esse tipo de transferência de arquivos "sneakernet" é feito o tempo todo. O Ubuntu irá montar facilmente um pen drive USB com um formato de gordura. Isso pressupõe que os dados no TD são rw, é claro.
A capacidade de montar, ler e gravar em arquivos em um TD é independente do usuário, supondo que o usuário não tenha acesso expressamente negado ao armazenamento USB.
Eu presumo que você esteja perguntando sobre a formatação de um TD no formato EXT4. Para realizar o que você quer (transferindo manualmente os arquivos de uma máquina para outra), o uso de um dispositivo de armazenamento USB formatado com gordura MS funcionará perfeitamente bem.
Você pode considerar usar o Filezilla para enviar e receber arquivos. É fácil configurar, é mais rápido e muito mais fácil.