Descobri que usar o Notify, que vem com python gi.repository , era muito melhor do que usar libnotify. Porque com o Notify nenhum trabalho extra tinha que ser feito para tornar os links clicáveis, além de ser fácil de usar. Ele também funcionou quando eu tentei no ubuntu 16.04 que é um ambiente de unidade. Informações sobre o gi.repository e suas diversas funcionalidades podem ser encontradas aqui link