Eu posso esboçar uma possível solução para você, mas você terá que fazer uma pesquisa para preencher os detalhes das etapas.
1) Crie backups de imagem de suas partições do Ubuntu (/ home se for separado, caso contrário, a partição do sistema) usando o Clonezilla ou equivalente.
2) Faça uma instalação limpa do Ubuntu, limpando o Windows. Certifique-se de que as partições que você pretende restaurar sejam tão grandes (de preferência maiores) quanto antes ou que a restauração do Clonezilla não funcione.
3) Restaure as partições que você fez backup com o Clonezilla.
Pode haver minas neste que eu não considerei, eu não fiz este procedimento exato, embora eu tenha clonado uma instalação do Ubuntu usando o Clonezilla com sucesso.